而再回看，胡惟庸案第二阶段主角林贤的职务，就是宁波卫指挥使。

如果再将时间反推回大明开国之前，与朱元璋争雄的盘踞于长江流域的陈友谅、张士诚、方国珍等，对宁波都相当重视。

这些势力被朱元璋剪灭之后，余部大多通过宁波逃入海上，最终造成了明初“每诱岛倭入掠”。

在林贤案中，朱元璋很大概率是意识到了倭寇不再是散兵游勇，他们熟悉沿海地形于宁波能进退自如，再联系到胡惟庸覆灭前无论是什么阿猫阿狗自称倭使都能被礼部送到皇帝面前，宁波的问题在朱元璋眼里就已经十分严重了。

对于朱元璋给胡惟庸通倭盖棺定论的原因，沈德符在叙述宁波市舶司被罢原因时，说的另八个字或许能作为最好的注解：“迫近京师，或行窥伺”。

在朱元璋眼里，胡惟庸即便是不通倭，也必然是通过林贤在宁波的窗口与张士诚等残部有过接触，这或许也是《大诰三编》对林贤案反思当中，朱元璋认为林贤最初是张士诚部下的一个合理解释。

而无论是通倭还是通反明余孽，对朱元璋来说区别都不大，都是谋逆的铁证，通倭这个罪名也更多的是有省事儿的味道在里面。

那么林贤案真正的经过也是可以拼凑出来了：

洪武六年到八年之间，大权在握的胡惟庸将林贤收为腹心，在刘伯温病逝之后，地位已经稳固的胡惟庸开始准备后手。

洪武九年，在胡惟庸安排下，林贤以一个不大不小的罪名出使倭国，这个工作持续了三年，林贤或许是真的去联系倭国，也或许只是打着倭国幌子去联络反明势力。

洪武十一年，朱元璋开始下诏令“六部所属诸司奏事勿关白中书省”，即六部的奏章可以直接送到皇帝手里而不需要给宰相看了，这个实际上已经可以看作朱元璋要动手的信号。

洪武十二年，感受到危机的胡惟庸召还林贤，准备搞事儿，但在这一年，占城贡使、私杀马夫、汪广洋妾为籍没女等等事件接连爆发，胡党迅速倒台，林贤这个后手也成了无用。

直到洪武十五年锦衣卫正式组建之后，这个暗雷才在洪武十八年正式爆炸。