高崇文，生性朴厚寡言，不通文字，但却聪颖敏慧，才智过人，年轻时曾在平卢军从军，并随镇淮西，颇为熟谙兵事。吐蕃占领奉天，兵临长安城下，唐代宗李豫逃至陕州避难，高崇文前往行在，后随代宗还京，期间立下功勋。其后还参与讨伐同华节度使周智光、汴宋留后李灵曜、山南东道节度使梁崇义等叛乱藩镇的战争，常率偏师为前锋，功冠诸军。随长武城使、神策行营节度使韩全义镇守长武城，他治军有声名，累官至金吾将军，加开府仪同三司。

吐蕃军三万人犯宁州，高崇文奉命率甲士三千前往解救，激战于佛堂原，大破吐蕃，吐蕃军阵亡过半，战后，高崇文获封渤海郡王。韩全义升任夏、绥、银、宥四州节度使，德宗命他率长武城部众前往就任，因夏州是沙碛盐卤之地，又时值盛夏，士兵们不愿意迁徙到西北艰苦之地，士兵发生哗变，杀死大将王栖岩，韩全义翻越城墙逃走。时任都虞候的高崇文诛杀了带头哗变的人，此后士兵才安定下来，德宗任命高崇文为长武城都知兵马使，不颁发敕书，而是让中使口头宣授，高崇文在长武城积粟练兵，声威大振。

唐宪宗李纯即位，韩全义入朝，高崇文代掌行营节度留务，并兼任御史中丞。西川节度副使刘辟割据西蜀，发兵围攻东川节度使李康，宰相杜黄裳力主讨刘辟，推荐时为神策军将领的高崇文为帅，唐宪宗拜高崇文为检校工部尚书、兼御史大夫，充任左神策行营节度使，率左右神策、麟游、奉天各地的屯兵进军；神策京西行营兵马使李元奕及山南西道节度使严砺亦共同参战。当时，名声、地位平素便为人们推重的老将很多，都认为自己应当是征讨蜀中的人选，及至宪宗颁诏起用高崇文，他们都感到非常惊讶。

高崇文在长武城驻扎时，训练了五千士兵，常常保持着战备状态，在卯时接到诏命，到辰时便已启程，军中的器械装备与制成的干粮，没有任何缺少的。高崇文由斜谷出兵，李元奕由骆谷出兵，一同奔赴梓州，高崇文率军至兴元时，将士们途中在客舍进餐，有人把店主的筷子折断，高崇文便将此人斩首示众。由阆州出师，解梓州之围，击走刘辟部将邢泚，并在此驻扎，刘辟为洗刷罪责，将之前兵败被俘的东川节度使李康交还给高崇文，高崇文因李康败军失守，便将他斩杀示众。

刘辟命人在成都以北一百五十里的要冲鹿头山筑城，连结八座栅垒，屯兵一万多人，力阻高崇文。高崇文于鹿头山上下击败敌军，但阻于大雨，无法攻栅，刘辟又在鹿头关东面的万胜堆设置栅垒。高崇文派骁将高霞寓进攻万胜堆，高霞寓亲自击鼓，唐军奋力向上攀登，敌军矢石如雨；高霞寓又命敢死队进而攀登，夺取了万胜堆，歼灭叛军，将其栅垒焚毁。万胜堆失陷，使唐军可以俯视鹿头关全城，唐军总共八次大战都告捷，叛军军心因而动摇。

在德阳及汉州两次击败刘辟，在玄武击破叛军一万人，宪宗颁诏，命征讨西川的援军一概听从高崇文的指挥。高崇文再次在鹿头关击败刘辟军，其余各军也顺利行进。此外，参战的河东将领阿跌光颜驻军鹿头关西面，阻断刘辟的粮道。不久后，绵江栅守将李文悦、鹿头关守将仇良辅都率城向高崇文投降，还捕获刘辟的女婿苏强，数以万计的士兵投降。攻克鹿头关后，高崇文率军直逼成都，所到之处，敌军无不崩溃，军队在行进中从未受阻，攻克成都，并派高霞寓、郦定进等擒获出逃的刘辟。

高崇文进入成都后，在四通八达的大道上驻扎下来，让士兵就地休息，市中的店铺没有受到惊动，市场上珍贵的货财堆积如山，也没有遭受丝毫的抢掠。将刘辟等二十余人送往京城，斩杀刘辟的大将邢泚和馆驿巡官沈衍，对其余的人一概不加追究，对军府的事务，无论大小，高崇文命令一律遵从前任剑南西川节度使、南康郡王韦皋时期奉行的惯例，经过高崇文从容不迫的指挥，西川全境便完全平定。高崇文获授检校司空，兼成都尹，并充任剑南西川节度、管内度支营田观察处置、统押近界诸蛮、西山八国云南安抚等使，改封南平郡王，实封食邑三百户，宪宗还下诏在鹿头山下为高崇文刻石纪功。

高崇文在蜀中任职已满一年，他不通文书，又厌烦蜀中的政务繁忙，在一天对监军说：“我不过是河朔地区的一名小卒，幸而立下战功，才达到现在这个职位。西川是宰相盘旋飞翔的地方，我含愧居于此地的时间已经很长了，怎敢心安理得地呆下去呢！”他屡次上表声称：“蜀中安适闲逸，没有臣施展自己能力的地方，希望让臣前往边疆，尽死效力。”宪宗遂命门下侍郎武元衡接替高崇文，任命高崇文为同中书门下平章事、邠州刺史、邠宁庆三州节度观察等使，仍充京西诸军都统。

高崇文倚仗他的功劳而大起奢侈之心，把蜀地军用物资、库内金帛、帷幕承尘、歌伎舞女、能工巧匠等搜罗一空，因高崇文不懂朝仪，害怕入京朝见，宪宗优诏命他直接前往赴任。高崇文在邠州三年，广修战备，高崇文病逝，享年六十四岁，宪宗为其辍朝三日，追赠司徒，赐谥号“威武”，下葬于万年县，宪宗在长安为其设奠，百官都前往吊哭，后加赠太师，与裴度、杜黄裳、李愬同配享宪宗庭庙。