董奉住士燮府中，后士燮阴谋反叛朝廷，担心董奉泄漏其密谋，欲害之，董奉利用气功装死，骗过士燮后逃走。晚年到豫章庐山下隐居，继续行医，吴天纪四年，董奉逝世。
董奉医术高明，治病不取钱物，只要重病愈者在山中栽杏5株，轻病愈者栽杏1株。数年之后，有杏万株，郁然成林。春天杏子熟时，董奉便在树下建一草仓储杏。需要杏子的人，可用谷子自行交换。再将所得之谷赈济贫民，供给行旅。后世称颂医家“杏林春暖”之语，盖源于此。
董奉精通道术、武功，艺高胆大，为民除害。据《庐山志》卷七记载：“浔阳城东门通大桥，常有蛟，为百姓害，董奉治之，少日见一蛟死浮出。”
董奉还深谙养生长寿之道。《历世真仙体道通鉴》记载：“奉在人间百年，其颜色常如三十许人。”北宋张景《题董真人》诗云：“桃花漫说武陵源，误杀刘郎不得仙。争似莲花峰下客，栽成红杏上青天。”描写了董奉在庐山修炼成仙的传说故事。
董奉饮食奇异，一生喜吃枣、饮茶。交州刺史士燮曾言：“奉不食他物，唯啖脯枣”。东汉之前，茶一直当作药用；魏晋南北朝，茶便为保健养生的上等饮料，药饮两用。董奉认为茶为草药之首，经常以茶疗疾。相传有一天，董奉正在杏林草堂前翻晒杏干、杏花，几个汉子抬一书生前来求医，董奉一边细细切脉，一边观察其神、色、态，询问其症状。他望了一下刚刚翻晒的杏干、杏花，嘱咐道：“以杏干和老茶泡成杏茶汤饮之，必痊愈。”书生尊嘱服其茶，少顷顿感舒坦，题诗一首：“儿患顽疾母心慌，董仙妙手赐神方，杏干云雾显奇效，疫虫尽去身自安。”董奉将最后一句改成“此诗作罢身自安”，意在神形合一，心理调节。此乃“杏茶治癔”的传世佳话！
董奉遍访名山大川，足迹遍布福建、广东、广西、越南北部及江西、河南、湖北、安徽等地。所到之处，采药制丹，行医救人，救济贫苦，广植杏树。据宋代乐史《太平寰宇记》云：“钟离县杏山，吴时董奉居于此，为人治病，惟令种杏五株，数年，杏至万株。”
董奉曾到中原一带行医，有一年河南信阳爆发一种“疲劳痧”的瘟病，董奉用杏干与“神仙茶”同泡的杏干茶为病人治病，不出一旬疫情平息。为纪念董奉的事迹，后人在黑龙潭不远的擂鼓台山下修建一座“董峰寺”，世代祭祀之。据《太平寰宇记》记载：“董奉山在县西南六十里，昔董奉居于此山学道得仙，有祠存焉。”
民国的《重修信阳县志·山脉》记载：“董奉山在县西南五十里，峰峦竞秀，高出群山，上有黑龙潭、董奉寺，风景殊佳。一作董峰山，周氏祠附寺内。”“董奉寺，在县西南八十里董奉山上，山峰高峻，上开旷宇。相传汉董奉修道其中得仙，后人建祠祀之，故名。”当地人纷纷引种这种得以活命的“神仙茶”，采制后品饮清香怡人、甘醇回味，令人神清气爽，浑身舒坦，可治百病。千百年来，茶叶成为信阳的重要经济作物，也成了信阳人的“摇钱树”。相传，唐代陆羽撰写《茶经》之前曾经到此考察。
据明《永乐大典》记载：“太乙祥符观去城南二十五里，昔董奉植杏之处。”董奉晚年隐居豫章庐山莲花峰下，栽下满山红杏，开创了人与自然生态和谐共荣和药食同源的杏林园，被后代誉为“杏林始祖”。“杏茶治癔”的掌故流传经久不衰，他用以治病的“山药杏脯粥”如今成为九江人传统的养生滋补食品。
庐山有董奉居住的杏林草堂“董奉馆”、杏坛庵、伏虎庵，以及后人祭祀的太乙宫、真君庙、太乙观、太乙祥符观等；祖籍地福建长乐有一座以董奉命名的山“董奉山”，清乾隆《福州府志》按语：“福山，今名董峰山，属长乐县”；福州茶亭街河上村明代时建有一座纪念董奉的“救生堂”。
有关董奉的故事，如“杏林春暖”、“虎口取粳”、“虎守杏林”、“草堂求雨”、“虎溪三啸”、“浔东斩蚊”、“橘井泉香”、“敷浴治疠”、“斩鼍除魅”等，脍炙人口，流传甚广。
历代文学名家留下不少盛赞董奉行医济世的名篇，如唐代李白的“禹穴藏书地，匡山种杏田”，王维的“董奉杏成林，陶潜菊盈把。彭蠡常好之，庐山我心也”，杜甫的“香炉峰色隐晴湖，种杏仙家近白榆”；宋朝陈师韩的“院宇萧萧锁暮烟，昔人曾见此升仙。静看今日流渠水，应是当年炼药泉”，梅尧臣的“桃花已满秦人洞，杏树犹存董奉祠。莫怪寒梅独多叶，只缘乐府有新诗”；明代唐寅的“人来种杏不虚寻，仿佛庐山小径深”，李时勉“山边种树绕林垌，几处曾看此独名。花近药栏春雨霁，阴浮苔径午风清。岩前虎卧云长满，树底人来鸟不惊。遗迹尚存仙路杏，只应怀古独含情”；清代征士放的“吾亦知医术，平生慕董君，药非同市价，杏以代耕耘。山下虎收谷，溪边龙出云。芳林伐已久，到此仰余芬”，翁方钢的“岩幽虎心善，远吹来杏林。但坐掏石泉，溪回鸣玉琴。”等等。
杏林一词渐渐成为医疗行业的专用名词，人们用“杏林春暖”、“誉满杏林”、“杏林春风”这等来赞美高尚医风医德的医生。杏林文化是以董奉医术高明、医德高尚、乐善好施、普度众生的博爱精神为基础，经过历代医家长期践行，自觉培育形成的基本医德信念、价值标准和行为规范，是中华医学理念、从业形态文化的综合表现，是中华物质文明和精神文明的高度统一。
董奉，又名董平，字君异，号拔墘，候官县董墘村人。少年学医，信奉道教，年青时，曾任候官县小吏，不久归隐，在其家村后山中，一面练功，一面行医。由于医术高明，人们把董奉同当时谯郡的华佗、南阳的张仲景并称为“建安三神医”。