朱佑樘的童年非常坎坷不幸，他的生母纪氏，是广西纪姓土司的女儿，纪姓叛乱平息后，少女纪氏被俘入宫中，管理皇帝私房钱。宪宗偶尔经过，见纪氏美貌聪敏，就留宿了一夜，事后纪氏怀孕，宠冠后宫的万贵妃知道后，命令一宫女为纪氏堕胎。纪氏的人缘很好，派来的宫人不忍下手，回报万妃时就谎称是肚内长了瘤子而不是怀孕，万贵妃仍不放心，下令将纪氏贬居冷宫。纪氏是在万贵妃的阴影下，于冷宫中偷偷生下了朱佑樘，万贵妃得知后又派门监张敏，去溺死新皇子，但张敏却冒着性命危险，帮助纪氏将婴儿秘密藏起来，每日用米粉哺养，被万贵妃排挤废掉的吴皇后也帮助哺养婴儿，万贵妃曾数次搜查，都未找到，就这样朱佑樘一直吃百家饭长到六岁。

一天，张敏为宪宗梳头时，宪宗叹息说：“我眼看就要老了，还没有儿子。”张敏连忙伏地说：“万岁已经有儿子了。”宪宗大吃一惊，忙追问究竟，张敏才说出了真情，宪宗皇帝听了大喜，立即命令去接皇子。当宪宗皇帝第一次见到自己那因为长期幽禁，胎发尚未剪、拖至地面的瘦弱的儿子，不禁泪流满面，感慨万千，当天召集众臣，说出真相。次日，颁诏天下，立朱佑樘为皇太子，并封纪氏为淑妃，但随之纪氏却在宫中暴亡，门监张敏也吞金自杀。显然，纪妃与张敏之死皆与万贵妃的迫害有直接关系，宪宗的母亲周太后担心万贵妃会对太子下毒手，就亲自将孙子抱养在自己的仁寿宫内，才使太子安全地生活在宫中。

在太子时期，得到博学多才的程敏政、刘健等人的指点，熟读经史，养成“仁孝恭俭”的品格，即位后仍然手不释卷，经常阅读《孝经》、《尚书》、《朱熹家礼》、《大明律》，稍有疑问立即请教儒臣法吏。中国古代有“三不朽”的说法，指立德、立功、立言，在明代皇帝中，尽管孝宗在遵守儒家的伦理上做得算是最严谨的了，却不愿放弃他对于艺术的爱好，《明史·艺文志》，可以看到孝宗有《诗集》5卷，可惜已经失传。

万贵妃病死，宪宗也因悲伤过度去世，朱佑樘继位，然而宪宗留给18岁太子朱佑樘的，是一个朝政紊乱，国力凋敝的江山，孝宗皇帝用自己的宽容与勤奋力挽狂澜，让明朝得到了中兴。

由于幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病，但孝宗却勤于政事，不仅早朝每天必到，而且重开了午朝，使得大臣有更多的机会协助皇帝办理政务。同时，他又重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道，还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。

在诗歌方面的兴趣，孝宗皇帝对于绘画、弹琴也很喜爱，在士大夫们看来，皇帝喜欢乐曲，恐怕将来会滑入贪图享受的深渊中。因此，一些专门负责纠察朝政的言官们就纷纷上疏，劝说孝宗不要耽于声乐，而要把更多的精力放在修养身心之上，孝宗总是表面上接受，私下里却对旁边的太监们说：“弹琴何损于事？劳此辈言之。”意思是说，弹琴与政务又有什么冲突呢，要你们多嘴。

对言官的劝谏，虽不以为然，却也不以为忤，这正表现了他宽容的一面，他还尽可能地避免来自士大夫们的批评。例如，他擅长绘画，宫中也有许多画师。有一次，他赐给画师吴伟几匹彩缎，害怕大臣们知道后没完地议论，对吴伟说：“急持去，毋使酸子知道！”意思是说，赶紧拿去，别让那些酸腐的书生们知道。孝宗之所以受到儒家士大夫们的一致称颂，主要在于他始终在表面上给士大夫们留下充足的情面。

由于孝宗多难的童年使得他的身体一直不好，他希望通过佛道之术能改变自己的身体状况，因此一些奸佞之辈再次混入宫中，再次祸乱朝政。宦官李广就是其中之一，深得孝宗的宠信，后来李广畏罪自杀，孝宗以为李广家中有天书，命人搜寻，却搜出了李广贪污、受贿的账本，孝宗这才醒悟。李广事件唤醒了那个沉睡多年的励精图治的孝宗皇帝，他开始了生命中第二个，也是最后一个勤政时期，朱佑樘开始不断反思自己以前的所作所为，重新远佞臣而重用刘大夏、戴珊等贤臣，大力整顿朝纲，可是过大的工作强度也彻底拖垮了他的身体。

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孝宗非常仁慈，在明代皇帝中堪称之最，对于救荒的工作非常重视，要求各级官府都要设立常平仓，以应付灾荒；在刑罚方面，他要求慎重施刑，在他的这种要求下，一些素以残酷闻名的特务机构如锦衣卫都变得仁慈起来；在文化上，则出现了李东阳的茶陵诗派、邱濬的理学，号称‘太平盛世’；在政治上，他铲除奸佞，重用贤良，待臣宽厚，严管宦官，废除苛法；在经济上，轻徭薄赋，兴修水利，力求节俭；在军事上，他维护统一，爱护武将，和平政策。虽然朱佑樘一生无大作为，但是却很稳定，不胡来，比较勤政，尊敬大臣，做了很多为民的善政。

幼年失母，对于孝宗影响深远，也许孝宗后来的善良、温和、宽容，除了儒家的教育之外，还源于幼年时弱者的心态。孝宗在处理万贵妃一事上，最能体现他的宽容，尽管传说母亲纪氏是被万贵妃害死的，但是当他即位后，一位官员上疏要求惩办已死的万贵妃及其族人的时候，孝宗认为这样的做法，是违背先帝的意愿，不愿接受。作为一个皇帝，他这一辈子没有享过什么福，却遭了很多罪，受过无数恶毒的伤害，但最终却又选择了无私的宽恕，这就是明君的胸怀与气度。

在生活上也能注意节俭，出使明朝的朝鲜使臣曾对朝鲜的国王说：“先皇帝或于用人，间以私意，今皇帝则铨注登庸一出于正，又性不喜宝玩之物，虽风雪不废朝会，临群臣皆以丧服，惟祀天祭用黄袍，臣等慰宴时不奏乐，不设杂戏，劝花置于床上而不簪，大抵先皇帝弊政一切更张矣。”宪宗生前爱穿用松江府所造大红细布裁制的衣，每年要向那里加派上千匹，而这种织品，用工繁浩，名虽为布，实际却用细绒织成。孝宗当时还是太子，内侍给他送来新裁制的衣服，他说：“用这种布缝制的衣服，抵得上几件锦锻衣服，穿它太浪费了。”遂谢而不用，他当了皇帝后，下令停止为皇宫织造此布。

一般身为九五之尊的皇帝，是三宫六院女人成群，其中佼佼者像唐玄宗和晋武帝之流，其后宫佳丽数量足可组建一个整编师，即使差到像光绪一样惨，也有一后二妃共三人，所谓一夫一妻似乎永远跟皇帝们无关。但朱佑樘是中国历史上唯一一个用实际行动实践男女平等的皇帝，他一生只娶了一个张皇后，从不纳宫女，也不封贵妃、美人，每天只与皇后同起同居，过着平常百姓一样的夫妻生活，实在不易。

孝宗和张皇后是患难之交，一对恩爱夫妻，从接受的教育看，他也很早就懂得若想当个好皇帝，就不能爱美人废江山的道理。两人每天必定是同起同卧，读诗作画，听琴观舞，谈古论今，朝夕与共，这不经意间的举动，创造了古往今来一个特殊的纪录，也算是朱佑樘作为一代明君的佐证之一。正是由于孝宗坚持只宠皇后一人，使得他成为历代皇陵中只葬着夫妻两人的绝无仅有的典型，给他明君贤主色彩颇浓的一生更加平添了许多亮色。

中国在南宋已有牙刷了，在中国四川成都中药博物馆依然展出一把宋代竹柄牙刷，堪称医史文物珍品。美国牙科医学会和美国牙科博物馆等的资料显示，世界上第一把牙刷是由中国皇帝明孝宗朱佑樘发明的，方法是把短硬的猪鬃插进一支骨制手把上。伦敦罗宾逊出版社出版的《发明大全》一书，列举了人类300项伟大的发明，也把牙刷的发明权归到朱佑樘名下。

朱佑樘驾崩于乾清宫，年仅三十六岁，在弥留之际召刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于皇太子朱厚照，并叮嘱诸卿说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好辅佐他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。”最后给太子朱厚照的最后嘱咐是“任用贤臣”。