王锡爵，其父王梦祥为南京国子监监生，其母吴氏为富家女，出生之前，一群雀在其家楼中鸣叫，当地“雀”字与“爵”字同音，故取名为王锡爵，其过目成诵，被塾师称为神童。随其父在海滨居住，有族人兄弟俩争夺家产，其兄以一锭白银给王锡爵请他转交其父，让王梦祥在家产争夺中偏袒于他，但王爵锡拿过银子跑出门外，站在桥上对人说：“这是何物？这是对我的侮辱。”然后把银子扔到河里去。
十三岁的王锡爵补博士弟子员，穿的青布鞋破了，督学御史冯天驭摸着王锡爵头道：“是不是你父贫，而怜惜一块帛布？”学署中知道王锡爵家境的人告诉冯天驭，王锡爵家境富有，冯天驭赞叹道：“我失言了，这孩子不是纨绔，家里如此有钱，还懂得节约，其前途不可限量。”聘娶嘉定人朱氏为妻，朱氏为时任黄县知县朱邦臣之女。
朝廷封其父王梦祥为编修文林郎，其母吴氏为太孺人，其妻朱氏为孺人。这年会试被任命为房考官，因为其弟王鼎爵参加考试，上书求辞，被派到开封公干，顺道归回家给父亲过五十大寿。首辅高拱指使吏科都给事中以朝班不振，上疏要迁出午门内的史馆，王锡爵据理力争，由此得罪了高拱。接着高拱拟用王锡爵主武会试，被王锡爵所拒，再接着太子出阁读书，众人欲推王锡爵为东宫讲官，高拱想用自己门生为讲官，更是对王锡爵怀恨在心，以右谕德被贬到南京翰林院掌翰林事。
穆宗驾崩，万历登基，王锡爵被召回坊局充当穆宗实录副总裁，恩封其父为奉直大夫右春坊右谕德，其母为太宜人，其妻为宜人，掌右春坊事，主试顺天乡试，选拔了不少贤材，对文章上佳的违式落卷的考生亲自勉励。在国子监欲推行国初积分法，让那些贵胄子弟凡是十六岁至三十岁的，都必须到国子监坐监学习礼和射，对那些贫寒子弟，王锡爵用自己的俸禄支助。
户部侍郎李幼孜为了讨好张居正，提出“夺情”之议，与封建思想不符遭到众臣反对，神宗却对翰林编修吴中行等夺职并廷杖，王锡爵求情皇帝与张居正均无效，并送礼为他们充军饯行。张居正回乡安葬父亲，不少官员联名请张居正回朝，锡爵拒绝签名，却申请回家探亲，直到父亲病亡，在家守孝。
张居正被籍家，人们纷纷落井下石，神宗召回了一大批当初反对张居正的人。当时，很多朝臣都以诋毁张居正为自己捞取名利，而王锡爵却上书当权者，指出：张居正为相时干了很多有益的事，是有政绩的，不应该全盘否定。认为“江陵相业亦可观，宜少护以存国体。”王锡爵以礼部尚书衔兼文渊阁大学士入内阁，一上任便奏请神宗：疏远谄媚之臣，禁止钻营求官，戒除虚浮，节约开支，广开言路。这些建议均被采纳，并受到神宗的褒奖。
群臣纷纷上书请神宗早立皇储，以定国本，神宗皆不听，王锡爵上疏建议神宗“勤御朝讲，日亲大臣，经常披阅章疏而早定根本”，神宗“温旨报闻”。神宗驾御毓德宫，召内阁辅臣进见，神宗牵着皇长子的手，用以说明他们父子二人关系很融洽，没有废长立幼的意思，大臣们连忙跪拜。神宗于是手谕各大臣：“伦序已定，朕何敢私？特以皇长子羸弱，待十年后，大典并行。”
申时行、许国、王家屏相继离开内阁，宰辅乏人，神宗遂又召王锡爵回朝，拜为首辅。此前，神宗曾答应于二十一年春举行册立大典，朝臣们都在拭目以待。王锡爵密请皇上早做打算，神宗想出新的拖延理由，将三位皇子并封为王，数年后，如果皇后仍未生育，再行册立。王锡爵顺从地奉诏拟旨，提出了“三王并封”之说。即将长子常洛、三子常洵、五子常诰同时封为藩王，虚太子位以待。此说一出，举朝哗然，大臣们把矛头直指王锡爵，群臣弹劾之章如雪片般飞至，造成内阁与部臣间的矛盾日益激化。一次，王锡爵对顾宪成抱怨：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”顾宪成立即反唇相讥道：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳！”后迫于公论，神宗不得不取消“三王并封”。
皇太后生辰，神宗接受群臣朝贺后，独召王锡爵于暖阁，王锡爵再次力请早定国本，神宗说：“中宫有出，奈何？”锡爵言道：“此说在十年前犹可，今元子已十三，尚何待？况自古至今，岂有子弟十三岁犹不读书者。”神宗听了很感动，终于下诏，请皇长子出阁读书，礼节依太子出阁的旧制，举朝上下一片欣慰。
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王锡爵在任首辅期间，曾奏准停止江南织造和江西陶器，减云南贡金，出内库钱粮赈济河南饥民，神宗全都照准。但在考察在京官员时，考功郎中赵南星因秉公罢黜了一些不合格的官员，这其中有大学士赵志皋的弟弟，也有王锡爵的旧属，于是内阁与部臣的关系再起冲突，结果神宗下旨将赵南星先是降三级，调外任用，后竟革职为民，连一大批为他上章呼冤的大臣也都受到贬谪。朝臣们自然把这些都算在首辅王锡爵的身上，认为是他一手操纵的，因此对他十分愤恨。王锡爵多次上书申辩无效，遂连上八疏辞去了相职，回乡养老。皇太子册立东宫，神宗特遣官赐敕存问，言：“册立朕志久定，但因激阻，故从延缓。知卿忠言至计，尚郁于怀，今已册立、冠婚并举，念卿家居，系心良切，特谕知之。”
王锡爵在内阁首辅任上，曾经指挥过万历“壬辰抗倭援朝战争”。日本关白丰臣秀吉遣倭兵十数万攻朝鲜，陷王京，朝鲜国王李昖奔至鸭绿江中朝边境，向中国求援。当时，王锡爵尚在太仓家中，故万历帝连召催促王锡爵速速入京，筹画军国大事。
倭寇侵朝前两月，宁夏致仕副总兵、蒙古族人哱拜也起兵造反，气势颇为猖獗，同时面对东、西两场战争，明朝政府应当将主要注意力放在哪一方面？朝廷内部对此意见不一，缺乏共识。因万历帝此时非常担忧宁夏战事，故王锡爵在赴京途中，即发书告知皇帝和内阁，称哱拜之乱不足为虑，倭寇实为劲敌，应将明军主力开赴朝鲜战场。后来战争形势的发展，果如王锡爵所料，哱拜之乱不久即被平定，而抗倭战争前后持续了七年。
王锡爵回京莅任后，多次发书给在朝鲜的明军统帅宋应昌、主将李如松等高级将领，指授机宜，恳加申诫，要求他们扼险居要，捕捉战机，歼灭敌人，但不可轻敌，不可硬拼，务期全胜；同时，告诫他们要整顿军纪，不可欺侮朝人，更不可滥杀日军俘虏。
在明军的强有力打击下，日本侵略军败退到朝鲜半岛东南沿海一带。明军收复包括平壤、汉城在内的朝鲜主要城市和绝大多数国土，使朝鲜李氏王朝存亡继绝，起死回生。经中、朝与日本两方谈判，日军同意撤出朝鲜。为了防止日军卷土重来，王锡爵支持采纳宋应昌所提出的关于明军留驻朝鲜，并在朝鲜屯田、开矿，以解决入朝明军每年庞大的军费、军粮供给问题的方案。由于朝鲜方面对这个方案持保留意见以及明朝自身的边患防卫需要，和国内中原一带发生严重的水灾，财政极为困难，明军被迫撤回国内。
廷推内阁大臣时，神宗虽然任用了于慎行、叶向高、李廷机，但仍惦念王锡爵，特加少保衔，遣官召他赴任。王锡爵三次婉辞不就，神宗坚持任用。当时，言官们的势力很强，每日奏章不断，王锡爵遂进密帖给神宗，让神宗“于章奏一概留中，特鄙夷之如禽鸟之音。”言官们听说后，引起公愤。纷纷上章弹劾，将此前旧账又都搬出，王锡爵本不准备就职，于是更加决心杜门养老。神宗虽然越加眷顾，王锡爵就是执意不出。
锡爵辞相归隐后，仍密切关注着朝鲜局势的后续发展，万历帝向国内各地派出矿税太监，四处横征暴敛，造成民间扰动不安。王锡爵当时便指出倭寇可能趁此机会，再度发动侵朝战争，果不其然，丰臣秀吉再次出兵朝鲜。后病逝于家，享年77岁，朝廷赠他太保衔，赐谥号文肃。
王锡爵，字元驭，号荆石，苏州府太仓州人，出身名门望族太原王氏。进士及第，授翰林院编修，累迁詹事府右谕德、国子祭酒、詹事、礼部右侍郎、文渊阁大学士，官至太子太保、吏部尚书、建极殿大学士，为内阁首辅。辞官致仕，仍一再被皇帝相召，终老于太仓老家，赠太保，谥号文肃，着有《王文肃公全集》55卷。在任期间，发生了日寇侵略朝鲜，朝廷纷争，力主对日本一战，最后在他的运筹之下，大明战而胜之，彻底的斩断了日寇侵略中国的妄想。