李三才考中进士，授职户部主事，升任户部郎中，与南乐的魏允贞、长垣的李化龙，以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷、违背辅臣意思而遭到皇帝责备时，李三才抗旨为他申辩，结果被贬为东昌推官，再改任南京礼部郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹做官，彼此愈加来往密切，他们都讲求经世致用，由此名声更大了。随后调任山东佥事，山东多狡猾的大盗，李三才多方设计圈套，将他们一一剿灭逮捕，不久升任河南参议，又升副使。相继又做过山东、山西两省学政，因颇有政绩，被提拔为南京通政参议，后来又被朝廷征召为大理少卿。
李三才以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府，当时矿税使横行各地，李三才所辖范围，徐州由宦官陈增、仪真由宦官暨禄收商税，扬州由宦官鲁保征收盐课，沿江由宦官邢隆征收芦课税，蔓延千里。矿税使任用奸徒，伪造印章，所到之处如追捕叛乱和逃亡者一样，公然抢夺，而陈增尤其过分，公然数次凌辱官吏。唯有李三才正气凛然，压制其肆意行凶的爪牙，而且密令犯死罪的囚犯将他们指为同党，从而将他们捕杀，陈增的气焰才被压下。
而那些不安分的人因为矿监税使的缘故，多起来做了强盗，浙江人赵一平用妖术倡议叛乱，事情被发觉，他逃往徐州，改名古元，胡说自己是宋朝皇室的后代。与其同伙孟化鲸、马登儒聚集亡命之徒，自署官职，预定第二年各方起事。计谋被泄露，他们都遭到逮捕，赵一平逃到宝坻，被李三才抓获，李三才再次上疏陈明设置矿监税使的弊端，说：“陛下喜爱珠玉，老百姓也羡慕温饱；陛下爱护子孙，百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝，而不让小民老百姓有一升一斗的需要；想绵延万年，而不让百姓有一天的欢乐呢？自古未有朝廷的政令，天下的情形就到了这种地步，而能幸免没有叛乱的。朝政鄙陋的多，而陛下的病根就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心，罢除天下的矿税。贪欲之心既然丢掉，则朝政可以治理好。”
过了一个月，皇帝没有回复，李三才又上疏，说：“臣为百姓请命，一个多月没有得到回答。听说近日的奏章，凡涉及到矿税的，您都置之不理，这是国家存亡的关键，一旦众叛亲离，老百姓都成为敌人，风驰尘扬，叛乱的人群四起，陛下安然独处；即使黄金满箱，明珠填屋，谁替你守护呢？”万历帝依然不答复。万历帝突然患重病，自以为快要驾崩的皇帝下诏罢矿税，但他突然反悔，又下诏停止罢免矿税，李三才极力陈明国家形势危急，请立刻颁下前面停矿税的诏书，皇帝不听。
这时，运河清口一段河水干涸阻碍了漕运，李三才建议开渠建闸，花费二十万，请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争，李三才于是声称有病请求离职，皇帝对他的回避态度很不喜欢，于是同意了他辞职。淮扬巡按御史崔邦亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋都上奏章乞求把李三才留下。史学迁说：“陛下因为陈增的原因，想罢免李三才，托词解除了他的官职。近年来宦官四出，海内沸腾。李盛春的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税的事去职。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增闭门不出。李三才不当离职可想而知。”万历帝对他们上疏仍不予理睬，李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，但未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下，万历帝于是命令李三才继续任职以等待接替的人，最终也没有派遣人接替李三才。
李三才又上疏说：“近来雷电击中了皇陵，大风拔起了树木，洪水滔天，天变到了极点。反贼赵古元刚在徐州被处以磔刑，赵大荣在亳州被枭首，而睢州的大盗又出现了，人心的离散到了极点，陛下每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇帝瘦弱而天下肥，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么高。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，道路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难道还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安身的地方呢！”万历帝不予理睬，不久睢州的盗匪被擒获，李三才因此上奏施行的几件事，境内安宁。
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歙县人程守训是陈增的随从，以纳捐获得中书官职，程守训为人骄横跋扈，仪仗铺张，他允许人互相告密，拷问嫌犯时，连妇女、儿童也不曾放过。程守训惧怕李三才，不敢到淮上，李三才弹劾整治他，得知其赃物足有数十万之多。陈增害怕连累到自己，也对他展开了搜查，搜到了奇珍异宝和盗用的龙文、服饰、器物等物品。程守训和他的帮凶因此被逮捕，受到制裁，人人拍手称快。
皇孙出生，万历帝下诏合并矿税，释放囚犯，起用被解职的官员，增补御史，不久却改为不全部实行。李三才怀疑首辅沈一贯从中作梗，便上疏暗中诋毁沈一贯。接着，他又说：“恩诏已颁布，立刻又中途停止，在路上人们说前几天的新政不过是陛下一时心喜，所以旋开旋闭。”又说：“沈一贯担心沈鲤、朱赓威逼自己。又害怕他们有所争执，暴露了自己的短处，害怕事情不由自己去做，就想从中使坏。他行贿左右的人，多方煽动，致使新政遇到阻力。”万历帝看到奏疏后十分愤怒，下诏严厉责问李三才，并罚俸五个月。
矿税使暨禄去世，李三才因而请求下诏将天下的税使全部撤离，皇帝不听，命令鲁保兼任暨禄的职务。前吏部文选司郎中顾宪成住在无锡，在东林书院讲学，
李三才，字道甫，号修吾，祖籍陕西临潼县任村里，侨居顺天府通州张家湾，明朝大臣。考中进士，授职户部主事，升任户部郎中，后来魏允贞因为议论朝廷、违背辅臣意思而遭到皇帝责备时，李三才抗旨为他申辩，结果被贬为东昌推官。历任南京礼部郎中、山东佥事、河南参议、南京通政参议、大理少卿等职，以右佥都御史总管漕运，巡抚凤阳各府，期间数次上疏陈明矿税之害，并裁抑矿税使。以治理淮河有功，加官至户部尚书，有朝臣想要引李三才入内阁，由此诽谤他的言论四起。东林党人极力为其辩护，从而形成党争，引退回家，遭御史弹劾，被贬为平民。朝廷因缺少人经略辽东，想要起用他，但因朝臣争论不休而搁置，后被起用为南京户部尚书，未及上任即去世，享年七十一岁。