初任南京兵部车驾清吏司主事，不久，升迁兵部武库清吏司署郎中。办事不推诿，敢于承担风险，当时各地藩王赴京，路过南京，随从人员乘机骚乱人民，文华调查核实后，下令通缉随从，使随从不敢妄为。文华秉公执法，不避权贵，博得朝野称赞，擢升为湖广按察司提学佥事，领提学道。此后10年间，历任四川右参议，督桂学，参鲁政，擢赣藩，转授河南左布政司，任中勤于王事，忠于职守，严禁贪暴，推荐人才，劝农种桑，修复水利，政声雀噪，博“贞勤忠亮”之誉。

任江西右布政司时，在全省清理土地，丈量田亩，制止兼并，平均赋役，革除豪强转嫁田赋于民的积弊。在河南左布政司任上，正遇连年干旱，灾荒严重，灾民外出逃荒，他想方设法筹集款饷，召集民工，筑堰通渠，垦荒耕种，使流离失所的百姓，陆续迁回故土安居乐业。

神宗登基，下诏表彰天下施政成绩超群人物25人，文华名列榜首，晋升为右副都御史，巡抚广西。时广西旱情严重，地方官照样横征暴敛，闹得民怨沸腾，瑶民骚乱，文华下车伊始，便请赈恤，募垦荒，核田赋，均驿传，然后着手整顿兵戎，加强士卒的训练，不到一年，先后平定南乡、陆平、周塘、板寨诸瑶。五指、白冒诸侗，招抚民众2万余人，建堡2l座，垦荒2.6万余亩，广西混乱的局面得到初步治理。

柳州北山叛乱，文华遣将平定，采取声东击西、欲擒故纵的战术，乘叛众懈怠之时，连破70余寨，斩首4800级。所率兵不及万，费不逾千，竟能以少胜众，为明王朝立下大功，惜因忤逆当道，仅获薄赏。

广东大水没庐舍，文华亲率小艇济渡落水百姓，并下令开仓发粟，赈济灾民，又上疏朝廷，请求留余金7万余两，以备随时赈济。升任南京工部尚书，离任之日，粤人建生祠以祀，并在高岩上刻记其功，大学士叶向高赞他“功垂社稷，泽被四陲”。数月后改任南京兵部尚书，参赞机务，上书朝廷，疏陈六事：练兵、葺械、选锋、修城、重权、严管，并极力加以振刷，使禁军的军容、军纪、军风大为改观。

文华率诸卿奏劾太监张鲸劣迹，皇上不纳，遂“引疾乞休”，在连江闲居10年间，为县民办几件实事，调解民小，平息纠纷，捐赠学田，兴修学宫，置“义田”赡养族中贫者，募修含光塔，捐资修桥浚河等。

在长达三十余年的官宦生涯里，吴文华为官清廉，政绩卓着，时人赞曰：“骏烈光乎一代，清风冠于八闽。”退休前两年，在家乡连江斗门山上建造七级浮屠——含光塔，高耸挺拔，雄伟壮丽。闲居故里十年间，他足迹遍及连邑大地，题诗玉泉山的摩崖石刻：“巾舄相随蹑紫烟，闲从鸟迹访金仙。宦情迢递浮云外，梵影依稀落照前。古洞苍鳞涵宝月，香厨清玉控灵泉。坐阑得悟如莲偈，万籁空无一事悬。”书法苍劲有力，瑰奇磅礴，游人常驻足观赏。他的住宅在学前铺义井街，原有鹿园、敕楼，东园有旷如亭、万乐窝等诸胜，可惜今已皆圯。

为军事重镇定海作《定海七井碑记》，也就在这一年秋，卒于里第，享年七十八岁，赠太子少保，谥襄惠，乡人俗呼“吴尚书”，其墓葬在光临里宝溪山。

吴文华，学识渊博，文武兼修，嗜好书法，遗墨草书《干字文》帖，笔走龙蛇，有怀素之遗风。传世之作有《读史随笔》10卷、《督抚奏议》6卷、《留都疏稿》2卷、《济美堂文集》4卷、《济美堂后集》等，酷爱寿山石，有石数百方，为寿山石收藏第一人。