熊文灿，初任湖广黄州推官。在当地，他与乡绅姚明恭交往，后升任礼部主，最后升至礼部祠祭司郎中。据说熊文灿出使过琉球，但在萨琉战争后二十多年明朝没有遣使琉球，所以应该没有出使过。熊文灿被擢升为山东布政司左参政，负责监修山东济宁段的大运河，升任山西按察司按察使，负责监督井陉军务。熊文灿回到山东，任山东布政司右布政使，然而仅任职一年，即离职返乡丁忧。丁忧期间，熊文灿举家迁至友人姚明恭所辖的湖广蕲水地区，姚明恭的女儿也嫁给了熊文灿之子。

熊文灿回到北京，复职前往福建，出任左布政使，当时福建巡抚与总兵由于镇压海盗不利而被免职，恰在此时，一位大臣推荐熊文灿处理海盗事宜。于是，熊文灿于升任右佥都御史，巡抚福建。与此同时，海盗首领郑芝龙向福建官府表达了归降的意愿，熊文灿接受了郑芝龙的投降，并授予其官职负责抵御其他海盗，这一举措立见成效。

海盗首领相继被杀或被解除武装，熊文灿甚至报告称海盗已平，呼吁解除海禁，重开通商口岸恢复海外贸易。随后，熊文灿派郑芝龙率其部众前往江西南部镇压一伙盘踞于广东、福建与江西交界处广袤山区的土匪。郑芝龙取得了一些胜利，并迫使其首领投降，由于取得了一系列的胜利，熊文灿升任两广总督。此后，他调遣郑芝龙与海盗刘香作战，郑芝龙在福建水域给予刘香沉重打击，并将其驱逐至广东沿海，刘香走投无路试图谈判归降、熊文灿对此前景感到十分乐观，于是派遣两位将领与两位高级官员前往刘香的旗舰商讨招安事宜。

然而，刘香却将一行人扣为人质，当熊文灿将这一消息呈报给崇祯帝时，他将责任推卸给这些官员身上，指责他们违抗命令擅自行动。崇祯帝对此事提出质疑，并令熊文灿平定海盗以将功补过，令熊文灿倍感欣喜的是，郑芝龙最终歼灭了刘香，捷报上达朝廷。因此，熊文灿得以保住了其善于利用降将的名声，他得到晋升，兼任兵部侍郎。

两广总督在明代是一个肥差，也是当时最炙手可热的职位之一：因为在明末，农民起义几乎席卷了整个中国北方，而东北地区又面临着后金的入侵。据传闻，熊文灿曾向朝中权贵行贿，因而对于稳坐这一职位有恃无恐。一位宦官身负皇命，前往当地采集草药，熊文灿于广西全州设宴款待，酒过三巡，他夸下海口称如果由他挂帅，必能轻而易举镇压农民起义，这位宦官随即起身，承认他的真正使命是对熊文灿的能力进行考察，并承诺向崇祯帝推荐其镇压农民起义。熊文灿立刻意识到自己话说过了头，并提出接受这一任命的诸多条件，即直接对皇帝负责、拥有绝对人事任免权、委派高级官员负责财政事务等。然而，这位宦官认为熊文灿之所以提出这些要求，是因为他已经有了全盘战略计划，因而向崇祯帝如实进行了汇报。熊文灿受命总理南直、湖广、山西、陕西、河南、四川六省军务，负责镇压起义，同时兼兵部尚书、右副都御史之衔。

熊文灿离开广东时，他的三个儿子和他们的老师梁朝钟随行，并配备了一千名装备火器的广东籍士兵作为护卫。当船行至江西北部时，他们偶遇了来自庐山的一些熟人，其中包括后来被称为天然和尚的曾起莘，他们一起去寻访良师道独，道独警告熊文灿不要认为对海盗招抚成功的经验对起义军同样适用，不要对降将过于信任。

熊文灿到达位于安庆的行辕后，请求为随行的广东籍士兵配备马匹，但朝廷却将总兵左良玉麾下的六千骑兵调拨于他。在左良玉的阻挠下，熊文灿最终不得不将随行的广东护卫遣还。有证据表明，这些人被安置在他的家乡蕲水，在那里参与了抵抗起义军的战斗，两三年后才返回广东。不管怎样，崇祯帝接受了杨嗣昌的建议，熊文灿受命总领十位巡抚下辖的十二万兵力。来自北京的数千名锦衣卫官兵在宦官刘元斌的率领下也被派遣参与围剿起义军的行动，全盘的方案是试图将各地小股起义军全部逼入湖广北部和河南南部地区，以待刘元斌、左良玉和云南将领龙在田统帅的军队，伺机在该地歼灭他们，战役持续了一百天，朝廷为此加派了两百八十万两的剿饷。

作为战役的战场指挥，熊文灿无疑有渠道和权力来执行既定战略，但他既缺乏必要的才智，同时对这一战略也没有足够的热情。从一开始，他就寄希望于以和平手段解决问题。据说，还在安庆的时候，他就广泛散发通告承诺对任何投诚的起义军予以赦免。一位起义军首领刘国能投降，相继又有一些起义军归降，平寇之期已过，熊文灿即将接受惩罚，恰在此时三支起义军中势力最强的张献忠，开始商谈投诚事宜，熊文灿看到他的政策初见成效，深感欣慰，而他在朝中的支持者杨嗣昌与崇祯帝也抱有同样的想法。

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如果熊文灿能够妥善处理降众，将其就地遣散，那么他的汁划或许就能够圆满实现。但是，与此相反，熊文灿却准许张献忠依旧统领其数以万计的旧部，并将其作为屯军安置于湖广西北汉江流域的谷城地区。随后，他又从中挑选了三千精兵，加以武装充任官军，但却在缺乏有效监督的条件下仍令其驻扎于谷城。熊文灿仍将自己的大营设于襄阳，龙在田率领滇兵在襄阳北面的双沟清剿起义军残部，取得大捷，此处位于湖广、河南交界，于是起义军逃往河南西南部的山区过冬。

此后不久，另一位起义军领袖罗汝才也开始了商谈归降事宜，起义的平定似乎指日可待。然而，恰在此时，清兵入塞，包括左良玉麾下精兵在内的诸多军队从山西、河南等地被调往京师赴援。在北方军事压力陡增的情况下，一些处于困境中的小股起义军重新得到了喘息的机会，虽然后来左良玉取得了一些胜利，但仍然无法阻止张献忠东山再起的决心。

张献忠突袭谷城，杀掉当地知县等地方官员，并在县中大肆劫掠，随后率众进入西部山区，占据有利地形。很快，罗汝才等部也加入张献忠的队伍，只有刘国能仍效忠于朝廷，左良玉在追击张献忠时，遭受重创。由于这次失败，熊文灿被免职，受命等待其继任者杨嗣昌的到来。熊文灿被逮捕，并押送至北京受审。此时，熊文灿的朋友姚明恭虽然身为内阁大学士，但却无法相救，熊文灿遂被斩首，张献忠初占领蕲水后，屠戮熊文灿的家属，熊文灿的长子熊曰绘幸免于难，并有一段时间在福建寄于郑芝龙篱下。

熊文灿，字太蒙，号心开，明末大臣，贵州永宁卫军籍，四川泸州人。初授黄州推官，历礼部主事、郎中，山东左参政、山西按察使、山东右布政使，兵部侍郎、尚书等职。擢右佥都御史，巡抚福建，任兵部尚书兼右副都御史，行前策招抚张献忠、刘国能投降，而张献忠名义上是归顺明朝，实际是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。张献忠再起，势如破竹，熊文灿因此次抚局失败而被捕入狱，次年被斩。