然而，李斯年很快便意识到，蔡校长的这次辞职与上一次有着显着的不同。

这一次，蔡校长的愤然离职引发了巨大的社会反响和强烈的舆论关注。第二天，北京大学的学生们全体动员，举行大会，通过了“驱逐彭允彝”、“挽留蔡校长”、“警告国会”等多项决议。

1月19日，北京大学的学生们联合了法政专门学校、医学专门学校、工业专门学校等校的一千余名学生，前往众议院进行请愿。他们试图阻止议员们投票支持彭允彝担任阁员，并坚决要求蔡元培校长回校复职。请愿的队伍打出了“驱逐教育界败类彭允彝”、“保障人权”等鲜明的旗帜。

然而，当请愿的学生队伍到达象坊桥众议院门前递交请愿书时，却突然遭到了上百名军警的袭击和包围殴打，学生们在赤手空拳的情况下与警察进行了搏斗。结果，约有三百多名学生受伤，其中重伤者更有五十余人。

事件随后进一步升级，学生们选派代表直接面见了总统黎元洪，并在1月23日组织了包括北京大学在内的三十三所学校，共计五千多人的队伍前往参议院再次进行请愿。

然而，尽管学生们付出了巨大的努力，请愿最终还是失败了。

1月31日，北京大学、医学专门学校等六校的评议会召开了联席会议，并决定以后“凡是由彭允彝署名的教育部一切公文，概不接受”。

这场轰轰烈烈的“驱彭挽蔡”运动整整持续了大半年才最终宣告结束。

由于北京各高校一直坚持拒绝接受彭允彝为教育总长，并坚持进行驱彭斗争，到了9月份，北洋政府不得不免去了彭允彝的职务，这也标志着学生们的驱彭斗争取得了胜利。

然而，就在这个时候，蔡校长也选择了赴欧考察，由总务长蒋梦麟暂时代理了北京大学校长的职务。