随着各邦国的不断强化，帝国逐渐失去了中央集权的能力。

1806年，拿破仑在欧洲的扩张导致神圣罗马帝国解体，最后一位皇帝弗朗茨二世（Francis II）宣布退位，神圣罗马帝国正式终结。

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多里亚逃往了摩纳哥，帮助法国军队防守马赛。

然而，战争突然中止，因法王弗朗索瓦一世在帕维亚战役中被帝国军俘虏。

多里亚原本准备了一项计划试图营救弗朗索瓦，但却接到了他的命令，要求停止行动。

随后，多里亚与法国摄政安妮·德·蒙莫朗西（Anne de Montmorency）发生冲突，便退出了法国的服役，组建了一支海上雇佣舰队。

然而，当教皇克莱门特八世（Clement VIII）组成科涅克同盟（League of Cognac）以对抗查理五世（神圣罗马帝国）时，多里亚再次选择站在法国一边，并受雇指挥同盟的舰队，同时乔万尼·德勒·班德·内雷（Giovanni delle Bande Nere）指挥同盟的陆军。

多里亚在科西嘉击败了一支规模更大的西班牙舰队，并计划攻占仍在帝国统治下的热那亚，但这计划最终未能实现。

随着乔万尼在战斗中阵亡，以及帝国军队叛乱洗劫罗马，局势对科涅克同盟愈加不利，他们对多里亚的依赖也变得前所未有的强烈。

1528年，联军舰队在安德烈亚·多里亚及其侄子菲利皮诺·多里亚（Filippino Doria）的指挥下，于4月28日的卡波·多尔索海战中击溃了西班牙舰队，并俘虏了敌军指挥官阿方索·德·阿瓦洛斯（Alfonso d'Avalos）和阿斯卡尼奥·科隆纳（Ascanio Colonna）。

然而，安德烈亚对法国国王弗朗索瓦给的待遇感到不满，后者不仅在报酬上表现吝啬，还将多里亚替换为法国海军上将弗朗索瓦·德·拉·罗什富科（Fran?ois de la Rochefoucault）。

与此同时，阿瓦洛斯抓住机会，试图说服多里亚改变立场，促使多里亚拒绝将阿瓦洛斯和科隆纳交给按照国王要求的弗朗索瓦。

查理五世与多里亚开始通信，最终，热那亚人在1528年6月背弃了法国，转投皇帝一方。

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没有多里亚的舰队，联军便土崩瓦解。

1528年9月，安德烈亚·多里亚率领他的部队驱逐了法国人，凯旋而归，受到热那亚市民的热烈欢迎。

为了表彰他的功绩，查理五世任命他为大海军上将、梅尔菲亲王（prince of Melfi）和图尔西侯爵（Marquis of Tursi）。

他发现多里亚是与弗朗索瓦一世交战中的一位不可或缺的盟友，并通过他将对整个意大利的统治进一步扩展。

多里亚继续在各种战争中为皇帝效力，通常取得成功，并始终保持活跃。