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1516年1月23日，费迪南德去世，留下西斯内罗斯作为卡斯蒂利亚的摄政王，管理年轻的查理（Charles V，后来的神圣罗马皇帝查尔斯五世），当时他在荷兰，年仅十六岁。

尽管西斯内罗斯迅速掌握了政权，并以坚定甚至专制的方式统治，但动荡的卡斯蒂利亚贵族和对查理心怀嫉妒的弗拉芒顾问们联合起来，使西斯内罗斯的处境尤为艰难。

西斯内罗斯满足了查理要求他被宣布为国王的愿望。

他保护了查理的弟弟费迪南德（后来的神圣罗马皇帝费迪南德一世）。

他将法院的所在地设在马德里。

通过训练主要城镇的市民建立了一支常备军。

在他的摄政期间，他处理了西班牙对纳瓦拉（Navarre）的征服。

他因下令拆除纳瓦拉大部分堡垒（如哈维尔城堡，圣方济各·沙维尔的家族故居）而被人铭记，目的是打击抵抗精神，阻止未来对西班牙占领的叛乱。

1517年9月，查理抵达西班牙北部的阿斯图里亚斯（Asturias）。

他安排与西斯内罗斯在巴利亚多利德（Valladolid）会面，并接收有关西班牙王国局势的简报。

在准备会议时，西斯内罗斯生病了。

在前往巴利亚多利德的旅程中，他仍因病虚弱，仅到达阿兰达（Aranda）便因虚弱和关于瘟疫的谣言被迫在阿吉莱拉修道院（Monastery of Aguilera）寻求庇护。

西斯内罗斯未能康复。

11月初，查理寄信感谢他的服务，并允许他退休。

目前尚不清楚西斯内罗斯是否收到了这封信。

他于1517年11月8日在罗阿（Roa）去世。