在1212年至1218年间，城市事实上由圣灵兄弟会（Confraternity of the Holy Spirit）管理。

普罗旺斯伯爵允许由一名领事治理的马赛享有很大的自治权，直到雷蒙·贝伦格四世（Raymond Berengar IV of Provence）的统治。

马赛最初抵制他对控制权的主张，但在1243年承认了他的宗主权。

在他去世后，他的女儿普罗旺斯的比阿特丽斯（Beatrice of Provence）于1246年嫁给了法国国王路易九世（Louis IX of France）的兄弟阿尔萨斯的查尔斯一世（Charles I of Anjou），使他成为伯爵。

查尔斯继续推行他岳父的行政改革，这再次引发了不满。

1248年，马赛在当地两位贵族巴拉尔·德·博（Barral of Baux）和博尼法斯·德·卡斯特兰（Boniface of Castellane）的领导下反叛，而查尔斯此时正在参与第七次十字军东征。

查尔斯于1250年返回，并于1252年迫使马赛投降。

1262年，马赛在博尼法斯·德·卡斯特兰和巴拉尔·德·博的表兄雨果·德·博（Hugues des Baux）的带领下再次起义，巴拉尔·德·博保持忠诚并协助镇压动乱。

查尔斯于1263年镇压了这场叛乱。

贸易繁荣，马赛未再给他带来麻烦。

1348年，城市遭受了可怕的黑死病袭击，直到1361年该病间歇性地持续蔓延。

作为一个主要港口，马赛被认为是法国最早接触到这一流行病的地方，约有15,000人在这一经济繁荣时期人口为25,000的城市中丧生。

1423年，城市又一次遭到阿拉贡人（Aragonese）的洗劫和掠夺，财富进一步下降。