到1490年，威尼斯的人口已增至约18万人。

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与奥斯曼帝国的战争在1499年至1503年间恢复。

1499年，威尼斯与法国国王路易十二（Louis XII）结盟，反对米兰，夺取了克雷莫纳（Cremona）。

同年，奥斯曼苏丹开始进攻勒班托（Lepanto），并派遣了一支大型舰队支援其海上攻势。安东尼奥·格里马尼（Antonio Grimani），一个更像商人和外交家而非水手的人，在1499年的佐基奥海战（battle of Zonchio）中被击败。

土耳其人再次掠夺了弗留利（Friuli）。

威尼斯更倾向于与土耳其和海上进行和平，而不是全面战争，因此放弃了勒班托、杜拉佐（Durazzo）、莫东（Modon）和科罗尼（Coron）的基地。

威尼斯的注意力因罗马涅（Romagna）地区的微妙局势而转移。

罗马涅当时是意大利最富有的土地之一，名义上属于教皇国，但实际上被分割成一系列小领地，难以被罗马军队控制。

所有邻国都渴望获得威尼斯的土地，因此在教皇朱利乌斯二世（Pope Julius II）的领导下，于1508年加入了坎布雷联盟（League of Cambrai）。

教皇想要罗马涅；皇帝马克西米利安一世（Maximilian I）想要弗留利和威尼托；西班牙想要阿普利亚港口；法国国王想要克雷莫纳；匈牙利国王想要达尔马提亚，且每个人都希望获得其他国家的一部分。

进攻威尼斯的庞大军队从法国发起。

1509年5月14日，威尼斯在阿格纳德洛战役（battle of Agnadello）中惨遭重创，这是威尼斯历史上最为关键的时刻之一。

法国和帝国军队占领了威尼托，但威尼斯通过外交努力设法摆脱困境。

威尼斯将阿普利亚港口割让给西班牙以达成和解，朱利乌斯二世很快意识到威尼斯的最终毁灭所带来的危险——当时威尼斯是唯一能与法国王国或奥斯曼帝国抗衡的意大利势力。

内陆市民应声高呼“马尔科，马尔科”（Marco, Marco），安德烈亚·格里蒂（Andrea Gritti）于1509年7月重新夺回帕多瓦（Padua），成功抵御了围攻的帝国军队。

西班牙和教皇与法国的联盟解散，威尼斯也从法国手中恢复了布雷西亚（Brescia）和维罗纳（Verona）。

经过七年的毁灭性战争，威尼斯共和国重新获得了西至阿达河（Adda River）的内陆领土。

尽管这场失败最终转变为胜利，1509年的事件标志着威尼斯扩张的结束。

在1489年，威尼斯控制塞浦路斯的第一年，土耳其人攻击了卡尔帕西亚半岛（Karpasia Peninsula），进行掠夺并俘获人们卖为奴隶。