二张又想派兵登陆水道附近的岛屿，将炎黄军在岛屿上的士兵消灭，抢回水道控制权，可惜还没靠近岛屿就被岛上的炮塔攻击，击沉击伤了二三十艘战船。

之后他们又尝试从炮塔够不到的地方登陆，这些位置往往崎岖狭窄，不适合大规模登陆，一次只能登上去几十人，被守在岛上的炎黄军一阵弓弩枪炮齐射给全歼了。

最后南明军的活动区域越来越小，被包围在一处小岛附近，陈平派人向他们喊话，让南明士兵投降。

听到炎黄军劝降的声音，不少南明士兵开着战船，打着白旗从水道中出来投降。

黄云指挥战舰围了过去，派士兵登船缴了南明军的武器，将他们集中看押在附近的一座岛屿上。

张明振和张煌言二人见大势已去，身后愿意跟随他们的南明军战船只有二三十艘了。

“侯服兄，看来明年今日就是我等的忌日了！”

“玄着，你怕不怕？”

“今日唯死而已，也算我等为大明尽最后一份力了。”

说罢二人相视大笑。

随后二人率领最后二十多艘战船，冲出水道，被外面堵住水道的炎黄军战舰全部击中，所有南明战船都燃起了大火，很多南明士兵跳到水中，向二张喊话，

“将军，快跳船！”

二张不肯跳船逃生，随着船上熊熊烈火一起沉入海底。

随后炎黄军派出运输船将落水南明士兵打捞上来。

此战全歼舟山水师共一百八十二艘战船，击沉一百二十多艘，俘虏五十多艘，杀死南明军四千多人，俘虏五千多人，其余失踪下落不明。

炎黄军只损失战舰十来艘，士兵百余人，多是舟山水师登岛作战反击所致。

歼灭舟山水师以后，炎黄军留一万人和50艘船驻守，向西进入杭州湾。