朱由校对此予以照准，并敕旨兵部照此整编出一支西征军，由步骑炮组成，且敕旨枢密院确定西征时间和相应计划。

大明现在的军事制度已改为大都督府枢密院和兵部两处军事机构。

其中，枢密院负责调兵、武官选拔任免、指挥、军事方略决议、军法审判诸事；兵部则负责募兵训练、后勤供应、国防宣教诸事。

而地方上。

因为卫所制度早已名存实亡，再加上朱由校取消军户等户籍制度、改革路引制度，允许士民自由外出（限国内）与定居，尤其是现在商品经济进一步发展，进入到蒸汽时代后，各卫所就更加没有什么人，即便还有的，军官都已变成了事实上的地主，而卫所士兵则已成为自耕农或佃农。

所以，朱由校已在天启十五年下诏彻底废除了卫所制，陕西都司改为甘肃布政司，卫改为府、千户守御所改为县，百户守御所则改为乡或镇，人口多的则升为县，重新编户。

因朝廷默认世袭军官家族历代兼并的军户土地为其所有，再加上军户本就没有了多少，且朝廷已有足够的常备军，也就没有遇到多大的阻碍。

除此之外，天下营兵，也就是招募的职业兵，皆整编为大明国防军。

至于近卫军、勇卫军、虎贲军则与锦衣卫、西厂皆属于帝军，其中近卫军和锦衣卫属于帝军中的羽林禁军。

所谓帝军就是京师的军队，不负责驻守地方，只负责出征和拱卫京师。

现在兵部负责整编的西征军团也属于帝军，代表皇帝出征。

只有等打下某地后，某地才由枢密院征调国防军入驻防卫。

……

“兵马未动粮草先行，兵部部议认为，这次组建的西征军团因有十二万规模，所以需要提供的后勤供应不是一件容易的事，非有经验的大臣调度不可，而这非现任漠蒙总督王在晋不能胜任。”

卢象升在关于大明西征的廷议上对朱由校如此进言道。

朱由校听后说道：“据朕所知，他一向是不主张对外扩张的，可无可奈何的是，朝廷每次的对外进军都得用他，他也因此跟着得军功，希望他能习惯这种非己所愿却又因此加禄的生活，调任他为陕甘总督，负责此事！”