顺治十五年（1658年），随着清军在南方战场的不断推进，云南成为了下一个目标。年底，吴三桂率领的清军主力攻入云南，尚善则跟随信郡王多尼一同进入云南。此时，南明永历帝朱由榔已经逃至永昌（今云南省西部）。

在这一年的战斗中，尚善与征南将军卓布泰合作，率军向镇南进发，在玉龙关击败了白文选所部，随后渡过了澜沧江，攻占了永昌。永历帝朱由榔被迫继续逃亡。取得永昌之后，尚善率军乘胜追击，攻取了腾越，随后继续前进至南甸，到达孟村后撤军返回。

顺治十六年（1659年）正月，清军终于攻克了昆明，彻底占据了云南全境。在随后的二月，吴三桂与赵布泰、尚善等将领率领的清军与李定国的部队在滇西的磨盘山展开了一场激烈的血战。尽管清军在这次战斗中损失惨重，但他们最终还是巩固了对云南的控制。

回到北京后，根据尚善在云南战役中的表现和功绩，清廷赐予他蟒袍一件、玲珑刀一把、鞍马一副，以表彰他的英勇和贡献。

然而，顺治十七年（1660年），清廷对尚善进行了追责。原因是他在云南作战期间撤去了永昌的守军，导致了一些军士进城后伤害了当地百姓。这一行为被清廷认为是不当的，因此尚善被降为固山贝子。

四、征讨三藩

康熙十一年（1672年），尚善再次被封为多罗贝勒，这标志着他在清朝政坛上的地位得到恢复。随后的一年里，即康熙十二年（1673年），尚善出任右宗正，但由于身体原因不久后卸任了这一职务。

真正的考验出现在康熙十三年（1674年），当时平西王吴三桂在云南起兵叛乱，威胁到了清朝在南方的统治。吴三桂的军队迅速向北推进，攻占了澧州、岳州等地。面对这一危机，清廷迅速做出反应。正月，任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，负责指挥荆州的军事行动；六月，尚善被任命为安远靖寇大将军，率领大军前往岳州，准备抵御叛军的进攻。

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抵达岳州后，尚善采取了一系列措施来应对叛军。他首先致信吴三桂，试图从道义上对其进行劝降。在信中，尚善回顾了吴三桂早年投降清朝并协助清军消灭明朝残余势力的历史，批评吴三桂背叛了清朝的恩典，同时也背叛了明朝。尚善指出，吴三桂的所作所为既不忠也不孝，如果继续叛乱只会走向灭亡。吴三桂收到这封信后并没有立即作出回应。

与此同时，尚善积极组织军事行动。在十一月，他向康熙帝请求调派荆州的绿营兵和京口的沙唬船五十艘，以加强对岳州的攻势。在接下来的一年里，即康熙十四年（1675年），尚善采取了更为积极的军事策略。当叛军进攻夷陵时，尚善派遣水师切断了叛军的补给线。此外，他还分派兵力支援安亲王岳乐，后者正在从江西方向向长沙推进。尚善本人则继续专注于攻打岳州。

到了康熙十五年（1676年），尚善在洞庭湖一带发动了一系列攻势，成功攻取了君山。次年，即康熙十六年（1677年），尚善继续指挥清军进行军事行动。正月，他命令穆占率领水陆兵深入敌后，援助长沙。四月，吴三桂亲自来到湖南衡州，派遣部下进入两广地区，试图扩大叛乱范围。面对这一局势，尚善不仅指挥军事行动，还利用政治手段削弱叛军的士气。他频繁发布布告，向叛军将士和占领区的百姓宣传清朝的招降政策，试图分化吴三桂的军队。这些努力最终起到了一定的效果，吴军中的多位将领如林兴珠、陈华、李超等相继投降清军。