十八日，官兵攻下水城，叛军被俘者千余人，自缢及投海而死者四、五千，至此，始完全收复山东。

崇祯六年二月十三日，孔有德率叛军近万人突围，弃城登船而逃。

驻守在旅顺、长山、鹿岛的东江总兵黄龙，预计孔有德兵败后必经长山、旅顺而投奔后金，早已严阵以待，周文郁等也穷追不舍。

孔有德部在旅顺一带登陆后，黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺、毛承禄等人，大败叛军，而孔有德、耿仲明等率余部逃到盖州。

崇祯六年四月，孔有德、耿仲明率叛军及家眷一万多人在辽河口与济尔哈朗、阿济格、杜度率领的后金兵会合，被要求剃发易服，登莱之乱遂告结束。

由于孔有德带来了后金急需的舰队、红夷大炮及匠人，所以皇太极对他们的投降极为重视，亲率诸贝勒出沈阳十里迎接，并使用女真人最隆重的“抱见礼”相待，仍以他为都元帅，安置辽阳，自成一军，称“天佑兵”，给予特殊待遇，随后便引后金兵攻占黄龙所在之旅顺。

吴桥兵变出现在大明和建奴攻守相易的关口，从此彻底改变了双方的军事平衡，同时也极大地影响了之后明清交战的作战方法。

虽然此战以官军胜利告终，但登莱局势彻底糜烂，山东腹地也遭到蹂躏。

大明丧失兵力数万人，良将十多员，战舰、大炮、粮钱无数。

此战过后，登莱荒芜，东江动摇，海上牵制不再被提起，战略进攻更是无人问津，从此建奴来自东面与南面的军事威胁被彻底消除。

吴桥兵变的发生，源于辽西与东江的长期对立，诱发于大凌河之战与山东登莱等处军民长期对东江兵的排挤，糜烂于长期的文贵武贱、武备松弛与指挥混乱。

回想了一番关于吴桥兵变的来龙去脉后，朱由校朝袁世振问道：“现在的山东巡抚与山西巡抚分别是谁？”

“回陛下，山东巡抚是去年六月上任的前江西左布政使冯嘉会，山西巡抚则是今年三月接替武之望致仕后的郑三俊！”袁世振答道。